1．新生儿败血症
该症为一种急性，在抽血送培养后立即开始抗菌治疗。
在病原菌不明的情况下通常联合应用一种青霉素族（选用青霉素G或氨苄青霉素）及一种氨基糖甙类（选用庆大霉素或丁胺卡那霉素）抗生素作为初选药物。这种酏伍能针对大部分新生儿败血症的致病菌。
若有线索提示致病菌为金黄色葡萄球菌（例如其母有葡萄球菌感染，小儿皮肤有脓疗）则青霉素族宜先用苯唑青霉素；若患儿有水疱或出血性皮疹并迅速溃疡坏死，皮肤表面发黑或流绿色脓液时是绿脓杆菌败血症的表现，青霉素族宜选用羧苄青霉素或氧哌嗪青霉素、氨基糖甙类用丁胺卡那霉素或妥布霉素；皮下坏疽血培养多为金黄葡萄球菌，部分为大肠杆菌、绿脓杆菌，故可用苯唑青霉素及丁胺卡那霉素；
母有羊水性腹膜炎或小儿有肠穿孔、肠坏死时发生厌氧菌败血症的机会较多，氯霉素、氯林可霉素、灭滴灵均有效。如血培养得到阳性结果后，应根据药物敏感试验情况选择敏感而安全的药物。若原先用药治疗效果满意者一般不必换药，可根据药敏情况考虑撤去其中一处药物。
表皮葡萄球菌引起的新生儿败血症应排除抽血是污染造成的假阳性结果，如经治疗无效者可改用第一代头孢菌素治疗，仍无效则可改用万古霉素。住院过程中发生败血症的新生儿（尤其是早产儿）常已使用抗生素，这时的致病菌（常为葡萄球菌、克雷白杆菌、绿脓杆菌）往往对常用抗生素产生耐药性应及时更换。
2．新生儿化脓性脑膜炎
最初选择氯基苄青霉素及庆大霉素；绿脓杆菌脑膜炎可选羧苄青霉素或氧哌嗪青霉素及丁胺卡那霉素，亦可选用头孢他啶（脑膜炎时其脑脊液浓度高且绿脓杆菌对其敏感）。大肠杆菌对氯霉素仍敏感，其脑脊液浓度较高但使用时剂量不能太大，早产儿及出生后1周内的足月儿按25mg/kg·d算，1周后足月儿可用至75mg/kg·d。新生儿化脑易发生脑室炎，如全身用药不满意时，可同时通过保留导管于侧脑室局部用药（就根据药敏选择抗生素）；庆大霉素1～2mg、氨苄霉素10～25mg、氯霉素25～50mg、苯唑青霉素25～50mg。
3．新生儿肺炎
联合应用一种青霉素族及一种氨基糖甙类抗生素的治疗方案同样适合于新生儿肺炎，衣原体肺炎则应选用红霉素。
4．新生儿坏死性小肠结肠炎
细菌以大肠杆菌、绿脓杆菌、肺炎克雷白杆菌、沙门氏菌属较多见。治疗为静脉注射抗生素，主要配伍为广谱青霉素及/或氨基糖甙类。
5．新生儿腹泻
及时隔离治疗很重要。大肠杆菌性肠炎可用庆大霉素15mg/kg·d或卡那霉素30mg/kg·d或多粘菌素E5万u/kg·d口服。沙门氏菌属甙类抗生素常为首选药物，多粘菌E、磷霉素、头孢呋肟、头号孢哌酮均可选用，应视药源及敏感性而定。奇异变形杆菌引起的新生儿肠炎，使用丁胺卡那霉素、头孢唑啉常有效。
6．新生儿泌尿道感染
一般选用氨苄青霉素及庆大霉素大都疗效满意，如果不理想除根据药敏试验调整药物外，还应注意有无泌尿道畸形存在。
