益生菌一词最早起源于希腊语「for life」（对生命有益），译为「益生菌」或「原生保健性菌种」，为一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，并能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性微生物的总称。2001 年世界粮农组织 (FAO) 和世界卫生组织 (WHO) 将益生菌定义为：适量摄取后能对食用者的身体健康能发挥有效作用的活菌。
既然说到了益生菌，那就顺便提一下益生菌的「食物」——益生元，益生元又称益生素或益菌生，一般认为是不易被消化的食物成分，通过选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性，促进有益细菌生长繁殖。大家所熟悉的双歧因子就是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。
无论是益生菌还是益生元，目前普遍认为其除了具有调节肠道菌群，改善胃肠道症状外，还能用于治疗包括特应性皮炎、乳糖不耐受症、细菌性阴道病、幽门螺杆菌感染相关性消化性溃疡等其他疾病。
2011 年美国胃肠病（ACG）学会年度科学会议和研究生课程上的一个新闻简报强调：越来越多的证据表明服用益生菌，能减轻常见的胃肠道症状，如腹泻、胃胀和炎症。
早期的研究及 Meta 分析中也提到：当服用足够量的益生菌时，会给健康带来益处。且服用益生菌不但可以降低肠道感染风险，对避免艰难梭菌感染可能也有益。
2012 年，两篇 Meta 分析发表在了 JAMA 和 Aliment Pharmacol Ther 上，均得出结论：益生菌可以降低抗生素相关腹泻（AAD）的发生率。将益生菌的使用推向了新的高峰。
然而当我们停下来对相关研究进行仔细斟酌，其实不难发现，其中各个研究的样本量均相对较小。更进一步说，这些研究中存在着惊人的异质性。因此将这些研究总结综合到一起的 Meta 分析至少会出现研究对象的选择偏倚。这些试验如要代表更多的人群？可能需要大样本的前瞻性研究来证实。
在 2013 年的 The Lancet 杂志上，一项来自英国、由威尔士和英格兰东北部组织的 PLACIDE 研究对此进行了说明。该研究共纳入了超过 1.7 万例的 65 岁以上接受抗生素治疗的患者。研究分为空白对照组及运用乳酸杆菌和双歧杆菌两种最常见微生物制剂的试验组。
结果发现：两组组间的艰难梭菌感染或抗生素相关性腹泻的发生率并没有显著差异。然而，令人惊讶的是，试验组肠胀气的发生率增加，其中艰难梭菌感染性腹泻接受益生菌治疗的患者，胀气报告数增加了 3 倍。计算得到伤害系数为 2.5。
另外，荷兰乌得勒支大学医学中心研究者于 2008 年在 The Lancet 杂志上报道了益生菌可能会引起重症急性胰腺炎患者的肠道致命性局部缺血危险。 JAMA 杂志于 2014 年 11 月也发表了一篇文章认为，益生菌并不能随便服用，且不应抗生素同时使用。
看到这里，我们不禁会感到迷茫，究竟益生菌治疗该如何把控？
来自弗吉尼亚州诺福克东佛吉尼亚医学院胃肠病科主任、医学教授 David Johnson 曾做客 Medscape 胃肠病学频道，就益生菌的使用问题进行了详细解说，他认为随着非处方药品越来越容易获得，目前益生菌的使用已过于普及。当患者在使用抗菌药物时，医生甚至常规推荐使用益生菌以预防抗生素相关的腹泻。他建议对这些做法喊停，并重新反思我们对这些患者做的处置。
并认为虽然有部分临床试验表明，益生菌可能对一些胃肠疾病有益，而对大多数健康人来说，益生菌也益处良多，但是对某些高度免疫抑制或危重症患者而言，益生菌的使用则需慎重。
既往有患者因使用某种益生菌导致感染性并发症，如干酪乳杆菌引发脓毒症、布拉酵母菌导致真菌血症、鼠李糖乳杆菌 GG 导致的肝脓肿的报道，这些病例均发生在高度免疫抑制和或危重症患者中，尤其是那些体内留置血管导管的患者。
Johnson 教授认为，益生菌可能改变微生物菌群，造成生态失调并打破正常肠道微生物菌群，且新的研究证实无益，反而可能造成伤害，而医疗的首要原则是避免伤害。故对运用抗生素的患者，建议先将益生菌放在可能有害的位置，慎重考虑，而不要急于去推荐甚至是常规使用。
故益生菌虽具有吸引力，但并不是对所有的患者都必要，而「好」菌也要好好利用才能发挥好的疗效。
