消化道微生态制剂主要用于急、慢性肠炎、腹泻及消化道菌群失调等，部分还用于消化不良及肠内异常发酵等。但此类药物临床选择、使用方法等均有特殊要求，为方便临床使用，归纳整理如下。
作用机制
1. 拮抗致病菌生长，促进生理活菌生长，如地衣芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌活菌等；
2. 直接补充正常生理活菌，抑制致病菌，如屎肠球菌、枯草杆菌、粪链球菌等；
3. 形成肠道粘膜生物屏障，如双歧杆菌、乳酸菌素等；
4. 降低肠道 PH 值，抑制致病菌，如乳酸乳杆菌、嗜酸乳杆菌和乳酸链球菌等。
常见微生态制剂
1. 地衣芽孢杆菌活菌
地衣芽孢杆菌以活菌的形式进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病细菌的生长有拮抗作用，同时可促进双岐杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌及消化链球菌等益生菌的生长，从而达到调整肠道菌群的作用。临床常用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻及其他原因引起的胃肠道菌群失调。
2. 蜡样芽孢杆菌活菌
蜡样芽孢杆菌进入肠道后可消耗肠道内的氧气，创造厌氧环境，促进厌氧菌的生长。临床常用于肠炎、腹泻、婴幼儿腹泻、肠功能紊乱等疾病的治疗。
3. 枯草杆菌活菌
枯草杆菌为肠道正常生理活菌，具有抑制肠道致病菌生长、改善肠道微生态环境的作用。临床常用于急性腹泻、肠道致病菌感染引起的轻中度腹泻以及肠道菌群失调所致的腹泻。
4. 枯草杆菌二联活菌
枯草杆菌二联活菌包含屎肠球菌和枯草杆菌，二者均为肠道正常生理活菌，可抑制肠道内有害细菌的过度繁殖，调整肠道菌群。临床常用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、肠炎、腹胀、消化不良及食欲不振等。
5. 双歧杆菌活菌
双歧杆菌是人体内正常有益的生理性细菌，其在肠道内占有绝对优势，可与其他厌氧菌共同占据肠黏膜的表面，形成一个生物屏障，阻止病菌的定植与入侵。它在代谢过程中产生乳酸与醋酸，降低肠道内 pH 值，抑制致病菌的生长。临床常用于肠菌群失调引起的肠功能紊乱，如急/慢性腹泻、便秘等。
6. 乳酸菌素
乳酸菌素是由人体固有正常生理菌株与灭菌粉混合而成的微生态制剂，其特点是对多种抗菌药物具有耐药性。乳酸菌素在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭；可刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力；选择性杀死肠道致病菌，保护促进有益菌的生长；调节肠黏膜电解质、水分平衡；促进胃液分泌，增强消化功能。临床常用于肠内异常发酵，消化不良，急、慢性肠炎和小儿饮食不当引起的腹泻及营养不良等。
7. 乳酶生
乳酶生为肠球菌活菌的干燥制剂，可在肠道内将糖分解生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用。用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等。
8. 复方嗜酸乳杆菌
由中国株嗜酸乳杆菌、日本株嗜酸乳杆菌、粪链球菌和枯草杆菌组成，前两者可分解糖类产生乳酸，提高肠道酸度，从而抑制肠道致病菌繁殖；后两者可补充肠道正常生理活菌，改善肠道微生态环境。临床常用于肠道菌群失调引起的肠功能紊乱，如轻型急性腹泻等。
9. 复合乳酸菌
复合乳酸菌含有乳酸乳杆菌、嗜酸乳杆菌和乳酸链球菌三种活乳酸菌。活乳酸菌能在肠道内繁殖，产生乳酸，抑制肠道内腐败细菌的繁殖，调整肠道菌群，防止肠内发酵，减少胀气，因而有促进消化和止泻作用。临床用于肠道菌群失调引起的肠功能紊乱，如急、慢性腹泻等。
10. 双歧杆菌乳杆菌三联活菌
双歧杆菌乳杆菌三联活菌由长型双歧杆菌、保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌组成，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌。用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、慢性腹泻、抗菌药物治疗无效的腹泻及便秘。
11. 双歧杆菌三联活菌
为双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌经适当配合而成的活菌制剂，三者组成了一个在不同条件下都能生长、作用快而持久的联合菌群，在整个肠道黏膜表面形成一道生物屏障，阻止致病菌对人体的侵袭，抑制有害菌产生内毒素。临床常用于因肠道菌群失调引起的急慢性腹泻、便秘，也可用于治疗中型急性腹泻，慢性腹泻及消化不良、腹胀等。
12. 双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌、蜡样芽孢杆菌四联活菌
四联活菌既能直接补充人体正常生理细菌，又能抑制肠道中某些致病菌，促进肠道蠕动，调整肠道菌群平衡，还能参与维生素的合成，促进营养物质的消化和吸收。临床常用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘及功能性消化不良。
相互作用
1. 制酸药、抗菌药物可减弱消化道微生态制剂的疗效，故应分开服用。
2. 铋剂、鞣酸、活性炭、酊剂等能抑制、吸附或杀灭活肠球菌，故不能与之合用。
