那些罕见的、不受人关注的疾病，常会被我们形象地称为孤儿病，而治疗罕见疾病和疾病状态的药物，则称为孤儿药。
与孤儿病一样，孤儿药也是一个常被人忽视的问题，在其发展的道路上面临重重困境。
药物研发：高风险，期待高回报
研发新药是一个既费时又费力的过程。从筛选有潜力的化合物、实验室研究药效、评价毒性、研制制剂，到临床试验验证有效性和安全性，这个过程一般需要十几年才能完成。而药物的专利一般是合成得到这种物质的时候申请的，等到真正获批上市的时候，20年的专利期已经过去大半，在市场上卖不了几年就会被仿制药抢了生意。
而且，研发新药的失败率极高，研发过程每向前进行一步，都会有大批不符合要求的备选化合物被淘汰，如果最终能剩下一两个进入市场，那已经算是十分幸运。而且，随着现在对药品安全的要求日益严格，上市后的药物仍面临着诸多考验。药物一旦被发现存在安全问题，监管部门立刻会对它予以处分，轻则黑框警告，重则逐出市场，搞不好十几年的努力和钱财都付之东流。
药物研发如此高风险，追求利益的企业自然希望为数不多的成功个例都能成为摇钱树，这样才能多获得一些回报。因此，企业最热衷的研发方向永远都是常见慢性病。常见，就意味着消费群体大；慢性，就意味着每一个用药人都能消费掉很多药物。这样一来，销售额自然滚滚而来。
纵观各国药物的处方量排行榜，高居榜首的总是一些治疗心血管病、糖尿病、哮喘之类常见慢性病的药物。而相比之下，治疗罕见病的药物受众实在太小，即使研发顺利也未见得能从市场收回本钱，更谈不上盈利。而为了收回高昂的研发成本，这样的药物价格势必会比一般药物高出很多，使患者难以负担。因此，这些药物就成为了被市场抛弃的孤儿。
企业追求利益本无可厚非，但即使是极少数人的生命健康需求也不应该被忽视。这时候，就轮到政府出马了。为了鼓励孤儿药的研发，各国政府纷纷对制药企业开出各色优惠政策，包括减免申请费用、资助研发经费、上市后研发公司独占市场若干年（美国为7年，欧盟为10年）以及通过绿色通道直接进入医疗保险支付名单（这样患者就不必自己为昂贵的药费买单）等等。
与此同时，考虑到孤儿药的特殊性，各国政府对其前期研究的要求也有所放宽。孤儿药针对的患者人群很小，在进行临床试验的时候很难招募到足够的病人，因此政府允许企业只进行小规模的试验，然后利用一些统计学方法（例如贝叶斯模型）预测药物在人群中的效果。
这些优惠政策颇为奏效，以美国为例，在1983年美国孤儿药法案通过之前的10年当中，市场上只有10种称得上孤儿药的药物销售；而在法案通过之后到目前为止，美国FDA共指定了2364个孤儿药地位，其中获批准上市销售的有369种，这无疑使罕见病“无药可医”的困境得到了不少改善。当然，这样的法案并不是尽善尽美，仍有很多问题需要解决。
遗憾的是，中国目前仍没有类似的孤儿药法案，中国的孤儿药和整个药物研发领域也依然非常薄弱。这一方面是源自资金投入的不足，另一方面则是由于研发模式的缺陷。
孤儿药？畅销药？转变只在一瞬间
通常，研发孤儿药是项难以获利的公益事业，不过这个过程中也可能诞生畅销药物。
肉毒杆菌毒素就是一个畅销孤儿药的例子。它是由肉毒梭菌产生的一种毒素，能阻止神经把冲动信号传递给肌肉，造成肌肉松弛麻痹。最初，将它研发成药物是为了治疗罕见的颈部和眼部肌肉痉挛。不过在那以后，人们意外地发现了它消除皱纹的功效。
从此，肉毒毒素完成了从孤儿药到畅销药品的华丽蜕变，也使研发它的爱力根（ALLERGAN）公司获得了一笔数量可观的意外之财。现在，肉毒毒素更是添加了慢性偏头痛、原发性腋窝多汗症等一系列适应症，愈发成为一种广受欢迎的药物。
在肉毒毒素开始被广泛使用之后，曾经有过是否应当取消其享受孤儿药优惠政策资格的争论。不过最终肉毒毒素的孤儿药身份还是得以保留，因为它毕竟为治疗罕见病做出了贡献。
除此之外，也有从一般药物中得到孤儿药的例子。沙利度胺是目前比较有名，使用也相对广泛的一种孤儿药，不过它远扬在外的并不是什么好名声。这种药物就是当年为人们留下惨痛记忆的“反应停”事件的主角，因为致畸作用而一度被逐出药物市场。不过，在那之后不久，科学家们发现沙利度胺具有调节免疫系统的作用，对多种罕见的自身免疫疾病和麻风病造成的自身免疫症状都有不错的疗效。
考虑到沙利度胺除致畸性以外，安全性尚可接受，而且确实可以治疗一些难治的罕见疾病，美国FDA于1998年又批准它重新上市。现在，沙利度胺被用于治疗多发性骨髓瘤、麻风结节性红斑等疾病。只不过，在使用这种药物时需要严格避免怀孕，以防“反应停”事件的惨剧重演。
注释：
1．黑框警告：FDA的一种药品安全管理措施，如果药品在某面存在安全风险，但不至于撤市，就强制要求制药企业在药品说明书的最上方印上警示信息，并加上黑色方框。
2．贝叶斯模型：一种可以对数据进行分析并作出预测的统计学方法，由英国数学家贝叶斯创建。
3．“反应停”事件：一次严重的药品安全事件，发生于上世纪60年代。当时“反应停”沙利度胺是一种缓解妊娠反应的药物，在研发阶段未发现致畸性，但在上市后造成大量畸形儿出生。由此反映出当时采取的评价致畸性方法存在重大缺陷。
